استفاده از ذغال در قلیان برای ایجاد حرارت و سوختن تنباکو استفاده می‌شود. ذغال‌های معمولاً استفاده شده در قلیان، ذغال‌های نرگیل یا همان "ذغال‌های قلیان" هستند. این ذغال‌ها از چوب درختانی مانند درخت نرگیل یا درخت‌های میوه مانند درختان پرتقال تهیه می‌شوند.

برای استفاده از ذغال در قلیان، ابتدا ذغال‌ها را باید روشن کرده و به طور کامل بسوزانید تا جمرات سفید و روشنی تولید شود. سپس ذغال‌ها را در بالشتکی یا سبدی درون قلیان قرار داده و تنباکو را روی آن قرار دهید. با استنشاق قلیان، ذغال‌ها برای سوختن تنباکو استفاده می‌شوند و دود تولید شده از طریق لوله قلیان به شیشه بادی و سپس به دهان شما منتقل می‌شود.